1536–1691 വരെയുള്ള കാലഘട്ടത്തിലാണ് അയര്ലന്ഡിന്റെ ആധുനിക കാലത്തിന്റെ ആദ്യഘട്ടം കിടക്കുന്നത്. ഇംഗ്ലീഷ് ഭരണം പൂര്ണമായും അയര്ലന്ഡില് വ്യാപിക്കുന്നതും വിശ്വാസി സമൂഹത്തില് ഭരണം കൈയ്യാളുന്ന വര്ഗം ഉണ്ടാകുന്നതും ഈ ഘട്ടത്തില് കാണാം. 1536 ഹെന്ട്രി എട്ടാമന് അയര്ലന്ഡ് പിടിച്ചെടുക്കാന് തീരുമാനിക്കുന്നുണ്ട്. പതിനഞ്ചാം നൂറ്റാണ്ടിലെ ഫലപ്രദമായി അയര്ലന്ഡ് ഭരിച്ച് കൊണ്ടിരുന്നത് കില്ഡയറിലെ ഫിറ്റ്സ് ജെറാള്ഡ് രാജ വംശമായിരുന്നു. Tudor വംശത്തിന്റെ വിശ്വസിക്കാന് കൊള്ളാത്ത സഖ്യകക്ഷികളുമായിരുന്നു ഫിറ്റ്സ് ജെറാള്ഡ് രാജ വംശം. ബര്ഗണ്ടീന്സ് ട്രൂപ്പുകളെ ഡബ്ലിനിലേക്ക് വിളിച്ച് വരുത്തുകയും ചെയ്തിരുന്നു. 1487ല് ഇംഗ്ലീഷ് രാജാവ് ലാംബര്ട്ട് സിംനെലിനെ അട്ടിമറിക്കുന്നതിന് ശ്രമിക്കുന്നതിന്റെ ഭാഗമായിട്ടായിരുന്നു നീക്കങ്ങള്. 1536-ാടെ സില്ക്കെന് തോമസ് ഫിറ്റ്സ് ജെറാള്ഡ് പ്രകടമായി തന്നെ രാജാധികാരത്തെ വെല്ലുവിളിച്ച് തുടങ്ങി. ഈ റിബല് ശബ്ദത്തെ അമര്ച്ച ചെയ്ത് ഹെന്ട്രി ഇംഗ്ലീഷ് സര്ക്കാരിന്റെ അധീനതയില് കൊണ്ട് വന്നു. ഇത് മൂലം പിന്നീട് ഇംഗ്ലീഷ് അധിനിവേശം അയര്ലന്ഡില് ആവശ്യമായി വന്നില്ല. 1541 ല് ഹെന്ട്രി അയര്ലന്ഡിനെ പ്രഭു പ്രദേശത്തില് നിന്ന് മാറ്റി കിങ്ഡം എന്ന നിലയില് ഉയര്ത്തി. അയര്ലന്ഡിന്റെ രാജാവായി ഹെന്ട്രി പ്രഖ്യാപിക്കപ്പെടുകയും ചെയ്തു. ആ വര്ഷം തന്നെ ഐറിഷ് പാര്ലിമെന്റ് വിളിച്ച് ചേര്ക്കുകയും ഉണ്ടായി.
അടുത്ത നടപടി ഇംഗ്ലീഷ് രാജാധികാരം അതിന്റെ നിയന്ത്രണത്തിലുള്ള എല്ലാ പ്രദേശത്തും നടപ്പാക്കുക എന്നതായിരുന്നു. ഇതിന് നൂറ് വര്ഷമാണ് ആവശ്യമായി വന്നത്. വിവിധ ഭരണ പരിഷ്കാരങ്ങളും ഐറിഷ്-ഇംഗ്ലീഷ് ഭൂപ്രഭുക്കന്മാരുടമായി യുദ്ധം ചെയ്തും ചര്ച്ചകളിലൂടെ രമ്യതയിലെത്തിയും ക്രമേണ അധികാരം ഉറപ്പിക്കുകയായിരുന്നു. വിവിധ സംഘര്ഷങ്ങള്ക്കൊടുവില് പിടിച്ചടക്കല് പൂര്ണമാകുന്നത് എലിബത്തിന്ഞറെയും ജെയിംസ് ഒന്നാമന്റെയും കാലത്താണ്. ഈ സമയം കഴയുന്നതോടെ ഇംഗ്ലീഷ് രാജാധികാരം പൂര്ണമായും അയര്ലന്ഡില് വ്യാപിച്ചു. കേന്ദ്രീകൃതമായ ഭരണക്രമം കൊണ്ട് വരികയും പ്രാദേശിക പ്രഭുക്കന്മാരെ നിരായുധരാക്കുകയും ചെയ്തു. അതേ സമയം കാത്തോലിക് ഐറിഷ് സമൂഹത്തെ പ്രൊട്ടസ്റ്റന്റ് രീതിയിലേക്ക് മാറ്റാന് ഇംഗ്ലീഷുകാര്ക്ക് കഴിഞ്ഞിരുന്നില്ല. ക്രൂരമായ നിയമങ്ങളായിരുന്നു ഭരണാധികാരം ഉറപ്പിക്കാനായി ഉപയോഗിച്ചിരുന്നത്. പതിനാറാം നൂറ്റാണ്ടിന്ഞറെ മധ്യത്തിലും പതിനേഴാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ തുടക്കത്തിലും രാജകീയസര്ക്കാര് ഭൂമി കണ്ട് കെട്ടാന് തുടങ്ങി. കോളനിവത്കരണവും തോട്ടങ്ങള് സ്വന്തമാക്കാനും ആരംഭിച്ചു. മണ്സ്റ്റര്, അള്സ്റ്റര് , ഓഫാലി, എന്നിവിടങ്ങളില് സ്കോട്ടിഷ് ഇംഗ്ലീഷ് പ്രൊട്ടസ്റ്റന്റ് മാരെ നിയോഗിച്ചു. ലോയ്സ് ഓഫാലി കൗണ്ടികളിലും ഇവരെത്തി. സ്വന്തം ഭൂമിയില് നിന്ന് മാറ്റപ്പെട്ട ഐറിഷ് കാത്തോലിക്ക് ഭൂവുടമകള്ക്ക് പകരം പ്രൊട്ടസ്റ്റന്റ് ജനങ്ങള് വന്നു. അയര്ലന്ഡിലെ ബ്രിട്ടീഷ് ഭരണം പിന്നീട് ഭരിക്കുന്നവരായി ഈ പ്രൊട്ടസ്റ്റന്റ് തലമുറ മാറുന്നു.
കാത്തിലോക്, ബാപ്റ്റിസ്റ്റ്, പ്രസ്ബെറ്റേറിയന് വിശ്വാസികള്ക്കെതിരായി നിരവധി നിയമങ്ങള് നടപ്പാക്കി. ആഗ്ലിക്കന് ചര്ച്ച് ഓഫ് അയര്ലന്ഡിലേക്ക് മാറുന്നതിനെ പ്രത്സാഹിപ്പിക്കുന്ന വിധത്തിലായിരുന്നു ചട്ടങ്ങള്. ഒരു പക്ഷേ അയര്ലന്ഡിന്റെ ചരിത്രത്തിലെ ഏറ്റവും രക്ത രൂക്ഷിത കാലം 17-ാം നൂറ്റാണ്ടായിരിക്കാം. രണ്ട് ഘട്ടങ്ങളായി ഇത് വിഭജിച്ച് കിടക്കുന്നു. 1641–53 ,1689–91 കാലഘട്ടത്തില് വലിയ ജീവനഷ്ടം തന്നെ സംഭവിച്ച സമയമാണ്. ഭൂമി നഷ്ടപ്പെട്ട കാത്തോലിക് അസംതൃപ്തിക്കൊപ്പം തന്നെ നിയമങ്ങളുടെ വിവേചനവും സംഘര്ഷഭരിതമായ സാഹചര്യത്തിന് വഴിമരുന്നിട്ടു. പതിനൊന്ന് വര്ഷത്തെ ആഭ്യന്തരയുദ്ധമായിരുന്നു ഫലം. 1641 ആദ്യ ലഹളപൊട്ടിപുറപ്പെട്ടു. അയര്ലന്ഡ് പ്രധാന യുദ്ധഭൂമി ആകുന്നത് 1688ലാണ്. Glorious Revolution ഈസമയത്താണ് നടക്കുന്നത്.കാത്തോലിക പിന്തുണയുള്ള ജെയിംസ് മാറി വില്യം ഓറഞ്ചിനെ ഇംഗ്ലീഷ് പാര്ലമെന്റ് അധികാരം ഏല്പ്പിക്കുന്നു. പീനല് നീയമങ്ങളും, ഭൂമി കണ്ട് കെട്ടലും പിന്വലിപ്പിക്കാന് വില്യം ശ്രമിക്കുന്നുണ്ട്. ഗ്ലോറിയസ് റവല്യൂഷണില് വില്യമിനെയും മേരിയേയും പ്രൊട്ടസ്റ്റന്റുകള് പിന്തുണക്കുകയാണ് ചെയ്യുന്നത്. തങ്ങളുടെ സ്വത്ത് അയര്ലന്ഡില് നിലനിര്ത്തുന്നതിന് വേണ്ടിയായിരുന്നു ഇത്.
ജെയിംസും വില്യമും ഐറിഷ് രാജ്യത്തിനായി യുദ്ധം ചെയ്യുന്നതില് ഏറ്റവും പ്രശസ്തമായത് 1690ലെ ബോയ്നെ യുദ്ധമാണ്. യുദ്ധത്തില് ജെയിംസ് രാജാവ് പരാജയപ്പെടുന്നു. പതിനഞ്ച്മുതല് പതിനെട്ട് വെരയെുള്ള നൂറ്റാണ്ടില് ഐറിഷ്,ഇംഗ്ലീഷ്, സ്കോട്ട്, വെയില്സ് തടവുകാര് കരീബിയന് മേഖലയില് ജോലിക്കായി ഉപയോഗിക്കപ്പെടുന്നു. 18-ാം നൂറ്റണ്ടില് അമേരിക്കന് കോളനികളിലേക്കും വലിയൊരു വിഭാഗം തടവ് കാരെയും പറഞ്ഞയ്ക്കുന്നുണ്ട്.19 നൂറ്റാണ്ടില് ഓസ്ട്രേലിയയിലേക്കാണ് തടവുകാരെ പണികള്ക്കായി നിയോഗിക്കുന്നത്. ഐറിഷുകാരെ മനുഷ്യത്വരഹിതമായ വിധത്തില് ഇംഗ്ലീഷ് ഭരണാധിപന്മാര് ഉപയോഗിക്കുന്നത് ഈ കാലത്ത് തുടരുകയാണ്.